Ca să afle dacă realitatea lui e o creație fizică sau a minții, Neo va trebui să-l urmărească din nou pe iepurele alb. Deja știe ce trebuie să facă, dar ce nu știe încă e că Matrixul e mai puternic și mai periculos decât înainte.
Povestea urmărește evoluția unui suflet care se transformă de-a lungul câtorva secole dintr-un ucigaș într-un erou, modelându-se prin acțiune, mister, dramă și romantism. O singură faptă bună reverberează pentru a provoca o revoluție la sute de ani distanță în viitor.